Після побудови електропоїзд проходив налагодження на приміському вузлі Вільнюса, після чого кілька років провів на дослідному кільці ВНДІЗТ у підмосковній Щербинці. Після проведення випробувань було передано на Південно-Західну зал. в депо Фастів-Моторвагонний.
У середині 1991 р. було введено у дослідну експлуатацію. Тривала вона недовго, і вже до середини 90-х років електропоїзд було знято з експлуатації та відставлено на базу запасу, де було розграбовано.
Станом на 2010 р. більшу частину обладнання з поїзда демонтовано, і він фактично є кузовом на візках. Капітальні ремонти через унікальність обладнання, цього складу не проводилися, хоча періодично розглядався варіант реконструкції електропоїзда з використанням електрообладнання серійного електропоїзда ЕР9ТМ (ЕД9М), що дозволило б використовувати склад для роботи на лінії. ЕР29-1 - перший електропоїзд із нового сімейства, розробленого РВЗ, з кузовом довжиною 21.5 м та збільшеними тамбурами. Передбачалося, що до цього сімейства увійдуть електропоїзди постійного струму серій ЕР24 (освоєний ДМЗ, як ЕД2Т) та ЕР30, а також змінного струму серій ЕР27 (освоєний ДМЗ, як ЕД9Т) та ЕР29.
Через проблеми з розміщенням електрообладнання та тягових трансформаторів під кузовом моторного вагона, струмоприймачі та тягові трансформатори електропоїзда ЕР29 були змонтовані на головних та причіпних секціях. |